Soutenance de thèse // Lina Fabre

THÈSE

Facteurs déterminants la structuration des communautés microbiennes dans les écosystèmes aquatiques karstiques. Perspectives pour l’évaluation de l’état de santé de ces milieux

Résumé

Dans certaines régions, l’eau potable provient principalement des nappes souterraines qui circulent dans des roches calcaires appelées « karsts ». Ces milieux sont particulièrement vulnérables, car les polluants qui s’y infiltrent peuvent rapidement altérer la qualité de l’eau et poser des problèmes d’approvisionnement. Dans ce contexte, cette thèse cherche à développer de nouveaux indicateurs biologiques basés sur les communautés microbiennes. L’objectif est de mieux détecter les pollutions présentes, mais aussi d’évaluer leur persistance dans le temps afin d’améliorer la gestion de la ressource en eau. Pour cela, des outils (supports artificiels) ont été conçus, pour servir de support à la croissance de micro-organismes. L’étude a révélé que cette croissance varie selon l’état écologique du milieu et qu’il est possible d’identifier certaines bactéries associées à des contaminations spécifiques.
L’infiltromètre automatisé présente de nombreux avantages par rapport à la méthode classique, en termes de précision, de reproductibilité et de facilité d’utilisation. Toutefois, la méthode manuelle conserve toute sa pertinence dans les contextes de ressources limitées. Par ailleurs, la taille de l’infiltromètre s’avère déterminante : un rayon plus important favorise l’activation des réseaux de macropores et permet ainsi de mieux prendre en compte les écoulements préférentiels. Enfin, le déploiement sur de nombreux sites a permis de valider l’approche, avec des résultats satisfaisants dans la majorité des cas. Cette étude souligne enfin la nécessité de poursuivre le développement d’algorithmes alternatifs pour mieux représenter les écoulements particuliers, en particulier dans le cas de sols hydrophobes.

Directeurs de thèse

Florian MERMILLOD-BLONDIN (LEHNA)