Vous êtes ici : H2O

Stage

Stage : Étude des microorganismes des zones d’échanges nappes-rivière dans la rivière Dordogne, dans le cadre du programme LIFE Rivière Dordogne

Stage - 3 > 6 mois - Début : Janvier
Date limite de réponse : 15 octobre 2026
Missions :
Ce stage en écologie microbienne environnementale s’inscrit dans un dispositif de stages en grappe coordonné par l’école universitaire H2O’Lyon qui promeut une approche interdisciplinaire avec d’autres étudiant.e.s engagé.e.s dans diverses formations (hydrogéologues, géomorphologues, économistes, microbiologistes). Il s’inscrit dans la continuité d’un stage en grappe de 4 étudiants de Master 1 réalisé en 2025 et d’un stage en grappe de 4 étudiant.e.s de Master 2 réalisé en 2026.

Le stage de Master 2 en écologie microbienne consiste à travailler sur les échanges surface-souterrain de la rivière Dordogne en étudiant la diversité des microorganismes présents dans les eaux souterraines et de la comparer avec celle observée dans l'eau de surface. Principalement axé sur les échanges nappes-rivières, ce stage s’intéressera également aux circulations hyporhéiques pour la mise en place d’un protocole d’échantillonnage et son implémentation sur le terrain. Des échantillons d’eau et de sédiments ont d’ores et déjà été prélevés dans le cadre des précédents stages pour caractériser les microorganismes associés aux nappes et aux zones hyporhéiques. Ces échantillonnages ont été réalisés en étroite collaboration avec les stagiaires hydrogéomorphologues pour l’identification des sites d’intérêt. Ces échantillons sont actuellement en cours de préparation pour être séquencés (séquençage haut-débit par métabarcoding) afin d’identifier les bactéries et les archées présentes.

Les objectifs du stage M2 volet « microbiologie » s’orientent selon 2 axes :

Axe 1 : caractérisation des échanges nappe-rivière :
  • Analyse bio-informatique des échantillons d’eau de nappe collectés en juin 2026 (métabarcoding sur ARNr 16S) pour aboutir à la structure des communautés microbiennes présentes et analyses statistiques multivariées en lien avec les paramètres environnementaux disponibles
  • Analyse des résultats de microbiologie couplés aux résultats obtenus par les autres stagiaires de la grappe et utilisation de ces données pour un analyse interdisciplinaire des échanges nappes-rivières.
  • Evaluation de l’intérêt de travaux de restauration favorisant les échanges nappes rivières en fonction des résultats obtenus

Axe 2 : Mise en place d’un échantillonnage en vue de l’étude de la circulation hyporhéique au sein de bancs de galets :
 
 
  • Analyse bio-informatique préliminaire des échantillons de sédiments collectés en juin 2025 (métabarcoding sur ARNr 16S) pour aboutir à la structure des communautés microbiennes présentes. L’échantillonnage de juin 2025 était un test de protocole.
  • Etude de la littérature et des protocoles existants pour une optimisation du protocole d’échantillonnage des zones hyporhéiques et de la caractérisation de la circulation de l’eau au sein de bancs de galets
  • Echantillonnage de zones hyporhéiques sur le terrain selon le plan d’échantillonnage mis en place dans le but d’évaluer la circulation dans des bancs de galets avant travaux de restauration et l’impact de la végétalisation des bancs de galets sur les communautés microbiennes au sein de la zone hyporhéique. En fonction de l’avancée des travaux, les échantillons collectés pourront être
Stage de 6 mois avec un début le 4 janvier
PROFIL RECHERCHÉ

Formations requises :

Nous recherchons un ou une candidat.e en Master 2 ayant de solides connaissances et un fort intérêt pour les Sciences de l’eau, les restaurations fluviales et pour l’écologie microbienne environnementale. 

Compétences requises :

Le ou la candidat.e devra avoir un goût prononcé pour la bio-informatique et l’analyse de données de séquençage et pour les analyses statistiques multivariées ainsi qu’une forte appétence pour les travaux en contexte interdisciplinaire. Des notions en analyses de jeu de données de métabarcoding sont essentielles et des connaissances en langage bash et en R seraient appréciées. Le/La candidat.e devra faire preuve de curiosité, d’autonomie, de rigueur et devra être capable de prendre des initiatives. Il.elle devra par ailleurs avoir de bonnes capacités à faire des recherches bibliographiques, une bonne compréhension écrite de l’anglais et une aisance relationnelle et dans la rédaction en français.