L’EUR H2O’Lyon implique cinq écoles doctorales :
-                                                                                  Mécanique des solides - Mécanique des fluides, génie mécanique - Energétique, thermique, génie civil - Acoustique, biomécanique 
-                                                                                  Chimie moléculaire (organique, inorganique) - Chimie analytique - Chimie physique (catalyse) - Chimie des polymères, des procédés et de l'environnement 
-                                                                                  Paléoenvironnements et évolution - Micro-organismes, interactions, infections - Biologie évolutive, biologie des populations, écophysiologie - Biomath, bioinfo, génomique évolutive - Ecologie des communautés, fonctionnement des écosystèmes, écotoxicologie 
-                                                                                  Mondes anciens - Histoire et Histoire de l'art - Sociologie - Anthropologie - Geographie - Aménagement, urbanisme, architecture - Sciences politiques - Démographie & ergonomie 
-                                                                                  Accompagnement, mobilité, formation, ouverture internationale, innovation, réseau