Stage

Stage M2 en écologie microbienne : Étude des microorganismes des zones d’échanges nappes-rivière dans la rivière Dordogne et services écosystémiques associés.

Stage - 3 > 6 mois - Début : Janvier
Date limite de réponse : 18 août 2025
Missions :
Le stage de Master 2 en écologie microbienne consiste à travailler sur l’impact des exsurgences et résurgences d’eau sur la rivière Dordogne en étudiant quels sont lesmicroorganismes présents dans ces exsurgences et/ou résurgences et de les comparer avec ceux détectés dans l'eau de surface.
Des échantillons d’eau et de sédiments ont été prélevés dans le cadre du stage de M1 en juin 2025, en étroite collaboration avec les géomorphologues pour l’identification des sites d’intérêt. Ces échantillons sont actuellement en cours de préparation pour être séquencé (séquençage haut-débit par métabarcoding) afin d’identifier les bactéries, archées et microeucaryotes présents.

Contexte :
Le bassin versant de la Dordogne, principalement rural et axé sur l’agriculture et le tourisme, s’étend sur 25 000 km² et est classé réserve de biosphère UNESCO depuis 2012.
Depuis 2020, un programme LIFE Nature vise à restaurer des habitats naturels le long de 280 km de corridor alluvial.
EPIDOR, l’établissement public territorial, mène un programme pour conserver et restaurer les milieux naturels rares du bassin.
Ces actions incluent l’étude des échanges entre nappe et rivière, ainsi que des enjeux morphologiques et écologiques associés.
Enfin, la diversité et le rôle des microorganismes, essentiels à la qualité de l’eau et encore peu étudiés, sont au cœur de ces recherches.

Objectifs du stage M2 volet « microbiologie » : 

* Etude de la littérature et des protocoles existants pour une optimisation du protocole d’échantillonnage.
* Analyse bio-informatique des échantillons collectés par le stagiaire de M1 (métabarcoding sur ARNr 16S et 18S) pour aboutir à la structure des communautés microbiennes présentes et analyses statistiques multivariées en lien avec les paramètres environnementaux disponibles.
* Analyse des résultats de microbiologie couplés aux résultats obtenus par les autres stagiaires de la grappe et utilisation des ces données pour affiner les zones de prélèvements et mettre en place un plan d’échantillonnage optimisé.
* Echantillonnage sur le terrain selon le plan d’échantillonnage mis en place. En fonction de l’avancée des travaux, les échantillons collectés pourront être analysés au laboratoire (extraction d’ADN et ARN, amplifications par PCR) puis séquencés.

Stage de 6 mois en grappe
PROFIL RECHERCHÉ

Formations requises :

Un ou une candidat.e en Master 2 ayant de solides connaissances et un fort intérêt pour les Sciences de l’eau et pour l’écologie microbienne environnementale.

Compétences requises :

Le ou la candidat.e devra avoir un goût prononcé pour la bioinformatique et l’analyse de données de séquençage et pour les analyses statistiques multivariées ainsi qu’une forte appétence pour les travaux en contexte interdisciplinaire.

Des notions en analyses de jeu de données de métabarcoding sont essentielles et des connaissances en langage bash et en R seraient appréciées. Le/La candidat.e devra faire preuve de curiosité, d’autonomie, de rigueur et devra être capable de prendre des initiatives. Il.elle devra par ailleurs avoir de bonnes capacités à faire des recherches bibliographiques, une bonne compréhension écrite de l’anglais et une aisance relationnelle et dans la rédaction en français.