Offre CDD Ingénieur de recherche en Sciences de l'information géographique

Les missions seront 1) de construire une base de données spatiales à partir des données massives de métagénomiques issues de SRA (NCBI), 2) de construire un outil de géo-visualisation de ces données spatiales et 3) de concevoir et conduire des analyses à large échelle (ex. nationale à globale) à partir d'études de  cas visant à explorer la virosphère en collaboration avec des virologues, géographes et bioinformaticiens. Le projet vise à développer des outils de surveillance de la virosphère afin d'anticiper ou de prévenir des situations épidémiques. La personne recrutée aura donc pour objectif de développer des chaines de traitement allant de l'extraction jusqu'à l'analyse des données. Ces chaines devront mobiliser des données géoréférencées, des images satellites (ex. multispectrales, topographiques, hydroclimatiques) et des bases de données spatiales accessibles gratuitement. Les traitements proposés devront être reproductibles
(Python, notebook Jupyter) et menés en étroite collaboration avec le consortium et un IR en bioinformatique.

Activités principales de l'agent :

• Construire une base de données métagénomiques géoréférencées à partir de la base SRA du NCBI
• Concevoir des méthodes d’analyse à large échelle
• Implémenter des chaines de traitements de données de métagénomiques géoréférencées
• Croiser les données de métagénomiques avec des images satellites et bases de données spatiales existantes
• Développer une plateforme de géovisualisaton en relation avec des informaticiens et bioinformaticiens du projet.
• Diffuser et valoriser les produits de la recherche au sein de SHAPE-MED, dans des colloques et des revues internationales
• Transmettre le savoir faire au sein du consortium interdisciplinaire.
• Accompagner les étudiants géomaticiens impliqués dans le projet Viromatlas
• Organiser des ateliers au sein du consortium pour favoriser les dialogues interdisciplinaires par la géovisualisation
• Exercer une veille scientifique sur les recherches en géomatique qui traitent de la métagénomique.