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EEG@Lyon // Écologie Évolution Génomique




Une formation Université Lyon 1











Nouvelle maquette // Ouverture en septembre 2022

 

Objectifs de la formation

L'objectif du parcours « EEG » du master BEE est de former à et par la recherche des spécialistes de la biologie évolutive qui possèdent une double compétence : une maîtrise conceptuelle et expérimentale des mécanismes et processus de l'écologie et de l'évolution. En fin de parcours, les étudiant.e.s diplômé.e.s sont capables de produire, d’analyser et d’interpréter des données complexes et massives en toute autonomie.

Les mécanismes qui sous-tendent la diversité biologique et son évolution nécessitent d’appréhender la donnée biologique à différentes échelles de temps (de brève telle que celle de l’impact de l’homme sur les populations, à très étendue telle que les temps géologiques), d'espace et d'organisation (séquences, gènes, génomes, organismes, populations, communautés, écosystèmes). Cette complexité requiert une culture générale large combinant des approches expérimentales et méthodologiques complémentaires et pluridisciplinaires voire interdisciplinaires. De plus, depuis quelques années, la biologie évolutive bénéficie d’une révolution dans l’acquisition des données biologiques. En effet on observe le développement d’outils qui permettent d’obtenir rapidement des données massives et hétérogènes dans de nombreux domaines de l’écologie et de la génomique (données de bio-loggers, camera traps, colliers GPS, NGS, PoolSeq, RNASeq…) et ouvrent de nouveaux questionnements, nécessitant de nouvelles compétences.

Le Master « EEG » propose une formation qui relève ces défis. Cette formation est basée sur l’interdisciplinarité et est adossée, depuis plusieurs années, à des structures de recherche reconnues nationalement et internationalement. L’enseignement est assuré par des interlocuteurs spécialistes de leur domaine, alliant les concepts, les méthodes et les expérimentations, et travaillant à différentes échelles organisationnelles et spatio-temporelles, sur une grande diversité de modèles biologiques. La formation EEG s’attache à suivre et accompagner ses étudiant.e.s tout au long de l’année afin de favoriser la réussite de tou.te.s. Dès le second semestre du M1, chaque étudiant.e accède à un parcours personnalisé avec le choix d’UE optionnelles.

 

Débouchés

L’insertion professionnelle est au cœur de la formation. Elle s’appuie sur la reconnaissance dont elle bénéficie au niveau national depuis plusieurs années (la première promotion a été diplômée en 2016) pour offrir l’accès à un réseau de professionnels.

Notre formation prépare :
  • Aux recrutements en thèse via
    • i) les concours des écoles doctorales (ED) en France dont le champ scientifique couvre l'écologie, la biologie de l'évolution et la biodiversité (par exemple l’ED 341 E2M2 http://e2m2.universite-lyon.fr/),
    • ii) les recrutements sur projets.
  • Aux recrutements en thèse à l’étranger.
  • Aux métiers de la recherche dans les secteurs public (Universités, Muséum, CNRS, INRAE, IRD, CIRAD, Grandes Ecoles) et privé (par exemple, protection des plantes et environnement, collection et gestion des ressources biologiques, biovigilance, santé humaine et animale).
  • Aux métiers faisant appel à une expertise scientifique en écologie et en évolution (PME-PMI, collectivités territoriales, Etat, ...) : chargé.e.s d’études, chargé.e.s de missions, ingénieur.e.s écologues, chef.fe.s de projet…
  • Aux métiers demandant de l’analyse statistiques et bioinformatique dans des structures privées



Structures d'accueil

Principales structures d'accueil rattachées au M2 EEG


Autres structures d'accueil françaises ou étrangères (liste non exhaustive)

 



Contenu pédagogique



Organisation du S2

Le semestre 2 (faisant suite au semestre 1) se compose de 6 UE dont une pour laquelle deux choix sont possibles (« Biologie de la conservation » ou « Génomique 2 et Programmation pour la biologie »). Ce semestre se termine par un stage de deux mois dans un laboratoire de recherche en France ou à l’étranger. Ce stage peut être effectué au sein d’un organisme public ou privé. Le sujet de stage doit être en lien avec le projet professionnel de l’étudiant.e et doit lui permettre de mobiliser les compétences acquises au cours de sa formation.



Schéma de l'offre de formation du semestre 2 du parcours "EEG"

 
           
OU
 
En vert foncé les UE obligatoires, en vert clair les optionnelles

Organisation du M2

Semestre 3

Le semestre 3 du parcours « EEG » s’organise autour de huit UE dont deux sont optionnelles, ce qui permet à l’étudiant.e de personnaliser sa formation. Le tronc commun propose une formation en écologie, en génomique et en méthodologie, qui pourra être approfondie selon le choix des UE : par exemple, si la formation souhaitée se veut plus proche de l’écologie, l’étudiant.e pourra choisir les UE « Biodiversité et Fonctionnement des Écosystèmes » et « Nouvelles technologies pour l’étude de la biodiversité » ; « Phylogénomique et évolution moléculaire » pourra être choisie pour développer d’avantage les connaissances en génomique. Et si une formation plus méthodologique est recherchée, l’étudiant.e peut opter pour l‘UE « Statistiques Bayésiennes ».

Parmi les 30 ECTS de ce semestre 3, 6 ECTS sont consacrés à une UE « Projet tutoré » afin que l’étudiant.e puisse s’approprier le sujet de son stage de recherche du semestre 4 à travers notamment de la recherche bibliographique et méthodologique.


Schéma de l’offre de formation du semestre 3 du parcours « EEG »
 

 
En vert foncé les UE obligatoires, en vert clair les optionnelles


Semestre 4

Le semestre 4 sera consacré entièrement à un stage de longue durée, effectué en laboratoire de recherche en France ou à l'étranger.

 

 

Modalités d'admission et inscription en M2


L’admission n’est pas automatique, elle est conditionnée à la réussite en M1 EEG, ou exceptionnellement, dans un M1 compatible avec la formation (p.ex. parcours BEEB du master BEE-Lyon ou parcours à thématiques proches d’autres universités ou écoles).

Elle est prononcée par un jury d'admission propre au parcours et composé des membres de l’équipe pédagogique. La capacité d’accueil du M2 étant limitée, les critères de sélection seront liés à la qualité du dossier ainsi que le projet professionnel présenté par le candidat.

 

Contact

Responsable du Parcours :
Laurence Mouton
laurence.mouton@univ-lyon1.fr

Université Claude Bernard Lyon 1
43 Boulevard du 11 Novembre 1918
69100 Villeurbanne, France